Степень свежести сырья: свежесть сырья тесно связана с качеством белка в готовом продукте. Очень важно сократить временной интервал от вылова до переработки свежей рыбы, а также использовать ледяную воду для хранения свежей рыбы и предотвращения ее порчи. Когда свежая рыба портится, в ней образуются биогенные амины, такие как гистамин и кадаверин, которые можно использовать в качестве индикаторов свежести рыбной муки.

Контроль температуры во время обработки: контроль технологического процесса на заводе играет важную роль в производстве высококачественной рыбной муки. Регулирование температуры при варке и сушке ниже 90 °C позволяет повысить пищевую ценность готового продукта, особенно его усвояемость, и в то же время инактивировать вредные бактерии, содержащиеся в сырье.

Стабильность жира: рыбная мука и рыбий жир содержат высокие уровни полиненасыщенных жирных кислот, таких как ЭПК и ДГК, которые легко окисляются и портятся. К ним необходимо добавлять антиоксиданты, такие как этоксихин, особенно в жарких условиях.

Санитарный контроль: для повышения качества готовой продукции оборудование для хранения свежей рыбы на рыболовных судах, транспортное оборудование, заводские рыбохранилища должны быть чистыми и гигиеничными, чтобы не допустить порчи свежей рыбы. Производственные предприятия должны разделять влажные и сухие зоны, а также минимизировать перемещение персонала и оборудования между различными производственными процессами. Производственные предприятия должны принимать меры по предотвращению заражения готовой продукции сальмонеллой, холерным вибрионом или шигеллой. Поэтому следует принять меры, чтобы не допустить присутствия насекомых, животных или птичьего помета на производственном предприятии. Заводам следует разработать практическую систему санитарного контроля.
Сельскохозяйственные животные являются источником многих продуктов питания для человека. Таким образом, безопасные корма для животных оказывают важное влияние на здоровье животных и человека, а безопасность кормов и пищевых цепочек стала основной целью всей отрасли. Международный альянс по безопасности кормов (IFSA) – это консорциум крупнейших европейских ассоциаций по контролю кормовой промышленности, в том числе Британская федерация промышленности и сельского хозяйства (FESTA), которая использует в качестве своего стандарта Механизм обеспечения качества кормовых ингредиентов (FEMS), бельгийская организация OVOCOM, которая использует в качестве своего стандарта Надлежащую практику производства кормов для животных (GMP), Голландский совет по кормовым продуктам для животных (PDV), который использует в качестве своего стандарта Стандарт системы качества и безопасности продукции в кормовой промышленности (GCM+), немецкую организацию QS, которая использует в качестве своего стандарта Руководство по стандартам качества кормов для животных (QS), и Европейскую конфедерацию кормовой промышленности (FEFAC). Эта система основана на ISO 19011:2002 и механизме «Критическая контрольная точка анализа рисков (HACCP)». Стандарт охватывает конкретные требования к заявителям и аудиторам. Механизм анализа рисков и критических контрольных точек (HACCP) требует, чтобы внешние инспекторы определяли критические контрольные точки, а также строго контролировали и регистрировали соответствующую информацию. В случае возникновения отклонений, выходящих за пределы допустимого диапазона, внешний инспектор должен немедленно провести расследование и подробно зафиксировать проблемы и решения для дальнейшего изучения. Система контроля качества гарантирует безопасность, чистоту и отслеживаемость продукции.

Отслеживаемость: потребители рыбной муки и рыбьего жира могут отслеживать весь процесс производства рыбной муки и рыбьего жира – от производства до транспортировки и хранения.

Безопасность: содержание примесей, чистота и другие показатели рыбной муки и рыбьего жира соответствуют установленным законодательством стандартам качества; рыбная мука и рыбий жир не содержат патогенных организмов, микотоксинов и природных токсинов.

Отсутствие загрязнения: заводы по производству рыбной муки и рыбьего жира должны перерабатывать только морскую рыбу или других морских ракообразных или моллюсков, но не другие виды животных, такие как млекопитающие или птицы. Производственным предприятиям необходимо создать эффективный механизм обнаружения, чтобы предотвратить загрязнение рыбной муки и рыбьего жира в процессе производства и переработки.