Особое внимание следует уделять профилактике заражения сальмонеллезом при производстве рыбной муки. Бактериальная органическая структура разрушается во время варки и прессования, если температура превышает 80 °C, однако несоблюдение санитарных условий может привести к повторному заражению рыбной муки. Следует подчеркнуть, что, хотя температура воздуха в сушилке высокая, сырье в сушилке не может нагреваться до достаточно высокой температуры в течение длительного времени, чтобы уничтожить сальмонеллу. Чтобы минимизировать риск, производителям следует соблюдать следующие меры предосторожности:

Территория вокруг завода должна надлежащим образом содержаться и подвергаться регулярному уходу, чтобы предотвратить проникновение грызунов , птиц, мух и других насекомых. Особенно строгий контроль необходимо осуществлять в зонах, где перерабатывается сырье и хранится рыбная мука.

Вентиляторы и другие вентиляционные отверстия на заводах и складах должны быть защищены сетками от насекомых и грызунов.

Чтобы сохранить продукт сухим, склад должен иметь цементный пол, герметичные стены и крышу, а также при необходимости изоляцию крыши для предотвращения образования конденсата. Ленточный конвейер должен быть снабжен кожухом.

Дорожки, ведущие к складским помещениям, следует содержать в чистоте, а коврики для ног должны быть обработаны дезинфицирующими средствами. Дезинфицирующие средства, содержащие фенолальдегид или четвертичные аммониевые соединения, должны быть доступны для персонала при входе в складские помещения.

Одной из мер, которую можно принять, является установка сухих и влажных перегородок в производственных помещениях и сокращение частоты перемещения персонала и оборудования между различными зонами.

Очень важен правильный план очистки производственных помещений. Пустые емкости после их использования и зоны разгрузки следует очищать как можно скорее. Перерабатывающее оборудование следует регулярно очищать после использования раствора горячей воды под высоким давлением и моющего средства.

Устройство для концентрации белка и масловлагоотделитель должны быть предварительно нагреты до 93 °C или выше перед добавлением прессованной рыбы. После того как установка проработает около сорока пяти минут и предварительно нагреется до нормальной рабочей температуры, всю прессованную рыбу необходимо вернуть в варильник для повторной обработки паром и повторного прессования, чтобы предотвратить заражение.

Однако, если в рыбной муке обнаружена сальмонелла, зараженную партию необходимо стерилизовать. Например, в специальном устройстве рыбную муку нагревают паром при высокой температуре около 90 °С в течение 10–15 минут, а затем снова сушат. В качестве альтернативы для обработки зараженной рыбной муки можно использовать инсектициды, такие как муравьиная и пропионовая кислоты. Тем не менее процесс переработки потребует значительных дополнительных затрат и будет гораздо более экономичным и практичным, если будут приняты эффективные превентивные меры.